マルシーマークの記載がないことが、著作権者であることを主張しないことに直結する訳ではありませんが、フリーソフト等が出回っている現在、記載しないことは自らその著作物を無防備状態に置くことになります。逆に言うと、マルシーマークがある著作物は取扱いに特に注意しなければなりません。

このマルシーマークについての詳細はこちらです。

但し、その著作権の権利関係を明確にし、取引の安全を確保するためには、登録制度を利用する必要があります。例えば、売買・相続・担保・信託を原因とする権利の発生や移転等における権利保全の必要がある場合などです。

また、ただ単に創作しただけでは「登録」出来ず、著作物を公表した場合、譲渡した場合に限ります。言い換えると、公表した事実、譲渡した事実を証明しなければなりません。

考え方の基本は、他の著作物と同じですが、プログラムの場合は「創作した」という事実で登録をすることができます。
創作した場合の登録を除くと、５０名の「公表」の事実の証明が必要となることは同じです。

こうした場合のために、著作者の保護を目的として、著作物の存在事実の証明があります。
この存在事実証明は、「今日、確かにＡ氏の著作物が存在する」ということを第三者の立場で（著作権業務に熟達した）行政書士が行っています（行政書士の業務の一として、権利義務や事実証明に関する業務があり、行政書士以外の者がこれを行ってはなりません）。

この証明は、文化庁等への登録に適さない場合、外部に著作物を出したくない場合に有効です。
本件の詳細な説明は次ページをご覧ください。

数年来、「著作権登録で特許等の工業所有権の不備を補うことができる」といった話が知的何とか協会とか言う組織から出ているそうです。時代の流れで、特許・実用新案・意匠等と著作権の境界が次第に不鮮明になってきていることは事実ですが、著作権と特許等の工業所有権は同じく「知的財産」であっても、その内容や保全の仕方も異なります。従って、工業所有権を著作権でカバーすることは基本的に出来ません。
特に、著作権登録をすると新規性を喪失しますので、特許の出願が出来なくなって、思わぬ不利益を被ることがあります。

著作権の登録は、上記の文化庁とソフトウェア情報センターだけです。それ以外の民間で行っている「登録」は法的には何の根拠も効果もありません。費用と時間をロスするだけですので、注意が必要です。